El gobierno de Gutiérrez Guerra vivió en la zozobra permanente.
La guerra federal, coincidente con el paso entre dos siglos, representó un cambio radical del eje de poder político, social y económico, aunque no determinó un cambio en la estructura de quienes lo detentaban. Coincidió también con uno de los momentos más difíciles de la relación entre la élite urbana y las masas indias.
Varios factores explican la confrontación que en los hechos fue una guerra civil. Al fuerte desgaste de los gobiernos conservadores tras casi 20 años de administración se sumó la popularidad creciente de los liberales, que estaban cansados de esperar un tránsito pacífico en el mando de la nación y que habían sufrido más de una vez la manipulación de los resultados electorales a manos de los conservadores. La realidad socioeconómica de Bolivia mostraba un dislocamiento de los centros de decisión. La Paz fue durante todo el siglo XIX la primera ciudad de Bolivia y frecuentemente sede de los gobiernos nacionales (comenzando por el Mariscal Andrés de Santa Cruz). Su dinámica como ciudad se vería muy pronto respaldada por el nacimiento de la economía del estaño que desplazó el eje Potosí - Sucre al eje Oruro - La Paz. La caída de la plata trajo consigo el debilitamiento de la influencia de los viejos caudillos conservadores Arce, Pacheco y sus colaboradores más allegados.
A este contexto debe sumarse la presión por el establecimiento de un país federal que tuvo algunos antecedentes destacados, como las ideas de Lucas Mendoza de la Tapia en Cochabamba a mediados de siglo, el movimiento de los igualitarios de Ibáñez en Santa Cruz (1874-1876) y las varias propuestas de llevar el gobierno a La Paz realizadas por los paceños en el período conservador. La realidad sin embargo era otra, el federalismo fue una bandera coyuntural mediante la cual se inflamó el sentimiento regionalista del poderoso departamento de La Paz para justificar la rebelión, aunque no es menos cierto que algunos de sus propugnadores creían genuinamente que el federalismo era la mejor solución para Bolivia.
El estallido formal de problema se dio el 18 de noviembre de 1898 cuando el congreso reunido en Sucre después de un áspero debate proclamó la ley de radicatoria que exigía al Presidente su presencia permanente en la capital de la República, precisamente como respuesta a la exigencia paceña. La brigada de La Paz que había pedido sin éxito la reunión de un congreso en un punto “neutral”, Cochabamba, para discutir el tema sin presiones, decidió abandonar la ciudad de Sucre en señal de protesta. Fue el rompimiento de lanzas entre el norte y el sur. En el Ínterin, el 6 de noviembre de 1898 un gran mitin reunido en la plaza de armas paceña, exigió el federalismo y el 14 se creó un comité federal presidido por el jefe de los liberales José Manuel Pando, quien irónicamente como senador por Chuquisaca votó a favor de la aprobación de la ley de radicatoria. El 12 de diciembre se formó en La Paz una junta federal de gobierno, integrada por Pando, Serapio Reyes Ortiz y Macario Pinilla que había renunciado al ministerio de Instrucción del gobierno de Alonso-, con Fernando Guachalla con o secretario. La declaratoria de guerra estaba hecha.
Alonso, a pesar de su postura contraria a la ley que promulgó a regañadientes y de su posición conciliatoria, no tuvo más remedio que ponerse a la cabeza de ejército del sur y marchar a Oruro a la que llegó el 15 de diciembre de 1898.
El escenario de la guerra civil se enmarcó básicamente en los departamentos de La Paz y Oruro y algunas provincias de Potosí y Cochabamba. Aquí hay que detenerse en la decisión de Pando de aliarse con los indios aimaras de la región. El pacto entre Pando y Pablo Zárate Willka, marcó un hecho sin precedentes en la historia republicana. La alanza estuvo probablemente sazonada por compromisos reivindicatorios para los indios que habían sido sistemáticamente expoliados como consecuencia de la legislación de 1880, pero estaba claro que respondía a un interés específico y militar por parte de Pando. Entre enero y abril di 1899 se desataron acciones en las que los masivos contingentes indígenas fueron decisivos par i el triunfo de los federales. En las provincias Inquisivi, Aroma, Carangas, Chayanta, Tapacarí y Ayopaya, hicieron un cerco de bloqueos y ataques que diezmaron al ejército de Alonso. Fue, sin duda ninguna, una de las páginas más violentas y sangrientas de toda la historia republicana de la nación.