El gobierno de Gutiérrez Guerra vivió en la zozobra permanente.
El mariscal Santa Cruz ocupaba la presidencia del Perú en 1828, mientras en Bolivia se efectuaba la asamblea en la cual se presentaron incidentes y serios trastornos después de la salida de Sucre. La situación era tan grave que el general José Miguel de Velasco, que ocupaba la presidencia de la República, decidió declarar por decreto la disolución de la asamblea, llamando al mariscal Santa Cruz como Presidente provisorio designado por el Congreso Constituyente y “deseado por todos los bolivianos”. El héroe de Zepita regresó al país vía Arequipa y Puno. A su paso fundó una logia que tenía por objeto la unión de Perú y Bolivia, idea acariciada por Santa Cruz desde hacia tiempo. La logia se denominó “Titicaca” y él fue elegido Gran Maestro bajo el nombre simbólico de “Arístides”.
Llegó a La Paz el 19 de mayo de 1829 donde fue recibido y aclamado por el pueblo como el salvador de la patria. El día 24 del mismo mes juró solemnemente al cargo ante el prefecto de La Paz. El problema que se le presentó inmediatamente fue la reorganización de un país seriamente afectado por el desgobierno producido por la salida del Mariscal Sucre y por la invasión del General Gamarra desde el Perú, más el desastre económico producido por los pagos al Ejército Libertador.
El país se presentaba como un gran territorio de más de dos millones y medio de kilómetros cuadrados, apenas ocupados por un millón de habitantes de los cuales cerca de 750.000 eran quechuas y aimaras. El déficit del erario era de cuatro millones de pesos. La no aceptación de un ejército extranjero pagado por Bolivia, las ambiciones de algunos caudillos, el grave problema que significó la invasión peruana, el trágico fin del Presidente Blanco y los inútiles esfuerzos del general Velasco ponían en serio riesgo la suerte del país.
Santa Cruz que traía en su portafolio las ideas básicas de lo que sería su gobierno, puso inmediatamente manos a una obra que en muy corto tiempo transformó al país. Primero nombró a José María de Lara (español) como ministro de Hacienda y encargado de otros ministerios. José Miguel Velasco como ministro de Guerra, Casimiro Olañeta ministro de gobierno y Mariano Enrique Calvo de Relaciones Exteriores. También formó parte de su gabinete Otto Felipe Braun. El Presidente estableció un orden muy riguroso que le daba la capacidad de disolver el congreso si así lo creía necesario. A través de una nueva constitución, el Presidente podía ser reelegido por otros cuatro años a la terminación de su mandato. Impuso el catolicismo como única opción en el campo religioso y favoreció la designación de obispos, que desde el período virreinal habían tenido dificultades de permanecer en sus diócesis. Le tocó asistir a la colación canónica de monseñor José María Mendizabal, consagrado en Arequipa y posesionado el 16 de diciembre de 1829.