Al terminar la conquista sólo existía la clase de los vencedores, o sea los hidalgos, soldados y encomenderos y la de los vencidos, o sea el pueblo indígena. Pronto, por táctica y aun por conveniencia, los españoles reconocieron a las antiguas autoridades incaicas y aimaras dándoles los mismos privilegios que tenían los españoles nobles. Así subsistieron bajo la tutela española los incas principales, los caciques regionales, los mandones etc.; todos ellos eran objeto de atenciones y se les rendía homenaje al igual que a los españoles.
El Rey Toledo reorganizó el sistema de la mita practicado por los incas, quienes lo habían implantado en los territorios conquistados.
Las grandes riquezas descubiertas en la colonia fueron explotadas en gran escala, trabajo para el que se necesitan brazos. Como los negros no se adaptan a las zonas frías abundantes en minerales, se recurrió al indio al que se le obligó a trabajar en turnos de doce horas durante cuatro meses.
Este sistema de trabajo forzado llamado mita, fue instituido por el Virrey Toledo en 1572 y estaban obligados a participar en él todos los indígenas comprendidos entre los 18 y los 60 años, quienes eran sorteados y recibían un salario por el trabajo realizado.
Sin embargo, y para colmar la desmedida ambición de los conquistadores, fueron obligados a trabajar de por vida con el consiguiente perjuicio para la salud.
El azogue
Fue en tiempo del virrey Toledo que se puso en práctica, tanto en las minas de Potosí como en el resto de las minas del Perú, el método de la extrancción de la plata mediante el azogue. Hasta ese entonces sólo se trabajaba elmetal de "plata blanca" y el de "plomo ronco"; lo demás era rechazado, especialmente el "negrillo". Estudiada la extracción de laplata mediante el azogue (mercurio) por Don Enrique Garcés, la puso en práctica Don Pedro Fernández de Velasco. Mediante esta método, de la obtención de plata por amalgamación, se aumento enormemente el rendimiento de las minas.