Al terminar la conquista sólo existía la clase de los vencedores, o sea los hidalgos, soldados y encomenderos y la de los vencidos, o sea el pueblo indígena. Pronto, por táctica y aun por conveniencia, los españoles reconocieron a las antiguas autoridades incaicas y aimaras dándoles los mismos privilegios que tenían los españoles nobles. Así subsistieron bajo la tutela española los incas principales, los caciques regionales, los mandones etc.; todos ellos eran objeto de atenciones y se les rendía homenaje al igual que a los españoles.
Lorenzo Suárez de Figueroa fue gobernador en 1581. En 1590 fundo San Lorenzo el Real, ciudad ubicada entre Santa Cruz la Vieja y Charcas. Cinco años después, San Lorenzo se traslado a los llanos de Grigota, pasando a ser de la gobernación de Santa Cruz de la Sierra. A su vez, la ya fundada ciudad de Santa Cruz 1561,,, conocida también como Santa Cruz de la Vieja, se traslado a Cotoca (1601 - 1604) por indicación del oidor de la Audiencia, Francisco de Alfaro, quien fue al oriente a pedir cuentas al gobernador Mate de Luna. San Lorenzo el Real absorbió la población de Santa Cruz de la Vieja y Santa Cruz de la Nueva (ubicada en la región de Cotoca). Esta población, que se llamo indistintamente Santa Cruz de la Sierra y San Lorenzo el Real de la Barranca, se traslado a su actual ubicación sobre el río Piray en 1622.
La conquista de las tierras del norte Carabajya y la región de los chunchos.
La ubicación mítica y fabulosa del Gran Paititi, al no ser encontrada en las tierras exploradas y conquistadas por Chávez y Manso, fue una utopía que se traslado hacia el norte.
El primero que soño con estas tierras fue el capitán Pedro de Candia que organizó una expedición desde el Cuzco en 1538. Trasmontando los Andes y después de muchas dificultades, llegó a los llanos a un lugar denominado Abisca, a 30 leguas del Cuzco. No hallando las riquezas añoradas y sí muchas tribus hostiles, regresó por Carabaya, saliendo del Collao desilusionado y sin esperanzas.