Al terminar la conquista sólo existía la clase de los vencedores, o sea los hidalgos, soldados y encomenderos y la de los vencidos, o sea el pueblo indígena. Pronto, por táctica y aun por conveniencia, los españoles reconocieron a las antiguas autoridades incaicas y aimaras dándoles los mismos privilegios que tenían los españoles nobles. Así subsistieron bajo la tutela española los incas principales, los caciques regionales, los mandones etc.; todos ellos eran objeto de atenciones y se les rendía homenaje al igual que a los españoles.
A pesar del prestigio creciente de La Gasea, la estrella de Carvajal aún no había declinado y después de varias alternativas derrota a su implacable enemigo Centeno en Huarina (1547). Diego Centeno logra escapar del desastre y pasa a engrosar las tropas de La Gasca, el Pacificador a las que se habían unido Benalcázar (quién organizó un ejercito en compañía de Alvarez el oidor para dirigirse al sur a sofiocar las rebeliones en las las guerras civiles del Perú) y Alonso de Mendoza, que antes figuraran en el bando rebelde.
Al cabo de unos meses se dio la batalla decisiva en Xaquiaguana donde fueron derrotados Pizarro y su lugarteniente Carvajal.
Ello gracias a la política de La Gasea, quien logró que desertaran de las tropas rebeldes muchos esforzados capitanes; Pizarro y Carvajal fueron presos, juzgados por traidores y ejecutados en el Cuzco el 9 de abril de 1548.