Vivía aún en Inca Viracocha cuando empezó a reinar en el Cuzco su hijo Pachacuti, que había adquirido gran fama por haber conquistado para los incas muchas comarcas sometiendo a varios pueblos, entre ellos a los chancas.
El conjunto de Puma-punku se encuentra a 2 Km. del centro ceremonial descrito; en torno a estos dos puntos determinantes de la ciudad de Tiwanaku se encontraban las viviendas y los diferentes barrios.
El edificio principal de Puma-punku se sitúa sobre una plataforma en U sustentada sobre muros continuos de piedras finamente pulimentadas. Tiene al centro un patio hundido y, a los costados de la plataforma, dos alas laterales. El edificio interior, descrito por Diego de Ocaña, era de piedra tamo en su piso, formado de grandes piezas monolíticas, como en su muros, ventanas, puertas y techo, este último estaba tallado imitando paja. En la base del edificio hay tres bloques donde se han señalado los sitios para los muros y recámaras. Los bloques están unidos con grampas de bronce de las que aún quedan las huellas. El bloque mayor pesa cerca d 130 toneladas; se estima que se necesitaron más de 1.000 hombres para trasladarlo, lo que había muy claro respecto al régimen social, inevitablemente duro y organizado, que permitía sincronizar la fuerza de tan grande masa humana, buena parte de la cual debió dedicarse a levantar la formidable ciudad. Posiblemente en Puma-punku estaba la Puerta del Sol y allí quedan restos de tres puertas más, mucho más simples en su decoración.
Si bien la Akapana llega a todo su esplendor hacia el año 500 d.C, justamente cuando las lluvia en la región comenzaban a ser más intensas hacia el año 700 d.C. se construye Puma-punku con un sistema de desagües similar al de Akapana; y es entonces que este recinto centraliza el culto.