Vivía aún en Inca Viracocha cuando empezó a reinar en el Cuzco su hijo Pachacuti, que había adquirido gran fama por haber conquistado para los incas muchas comarcas sometiendo a varios pueblos, entre ellos a los chancas.
En el segundo milenio antes de Cristo, después de la revolución agraria y la aparición de la cerámica, que corresponde al final del periodo arcaico, aparecen las primeras aldeas y empiezan a definirse las altas culturas. A este periodo se lo denomina formativo.
El área donde se encuentran los actuales países de Ecuador, Perú y Bolivia, tiene dos zonas geográficas bien determinadas la costa y la sierra. Esta última a partir del nudo de Vilcanota, donde la cordillera se divide en Oriental y Occidental, abarca el Altiplano cuya altura media sobre el nivel del mar es de 3.800 mts.; en esta parte se sitúa el complejo lacustre Titicaca-Desaguadero-Poopó. Más allá de la cordillera y la sierra están los valles mesotermos y el trópico con los que las altas culturas altiplánicas y de la sierra mantenían contactos temporales.
Las culturas andinas de la costa tienen una arquitectura en base al adobe y una economomía sutentada en las pesca y el maíz. Las de la sierra y altiplano presentan arquitectura preferentemente de piedra y una economía en base a la papa y los camélidos. Uno de los complejos más antiguos, situado en la sierra norte del Perú, es el Kotosh con su famoso templo de las Manos Cortadas. Cerca del primer milenio aparece Chavín de Huantar, cuyo centro ceremonial tiene pirámides atravesadas por galerías internas, cabezas clavadas en los muros y patios hundidos.
En la zona del Cuzco, cerca del asentamiento Huari de Pikillajta, aparecen los Incas, fundadores del Cuzco, quienes entre los siglos XIII y XIV inician su expansión estableciendo un imperio pan-andino, tal como en su momento lo hizo Tihuanaco, que logró ponerse en todo los Andes.